La finalité "Chimie Organique" du Master Chimie Paris Saclay est à visée recherche et prépare en premier lieu à une poursuite d'études en Thèse de Doctorat. Il joue un rôle reconnu dans la formation des jeunes chercheurs par la qualité de ses étudiants et de leur formation qui leur permet de postuler avec succès sur les financements de thèse proposés dans les laboratoires de recherche de l’UPS (ICMMO, UFR de Pharmacie), de la vallée de Chevreuse (ICSN, Institut Curie), du plateau de Saclay (CEA, Polytechnique), de la région Ile de France et au-delà (en France où à l’étranger).
Le M2R de Chimie Organique est ainsi une porte d'entrée vers les métiers de la recherche et de la R&D en chimie organique :
- chercheur des grands organismes de recherche publics ou privés,
- enseignant chercheur des Universités,
- cadre des industries chimique, pharmaceutique, agronomique, cosmétique…

L'accès à d'autres secteurs d'activité est aussi possible, souvent après une formation complémentaire :
- enseignement en secondaire et classes préparatoires….
- contrôle de procédés, technico-commercial…
- propriété intellectuelle, brevets...  
- journalisme scientifique...  

En milieu d'année, l'étudiant doit avoir acquis l'expérience et le recul nécessaire pour confirmer un projet professionnel orienté vers les carrières de la recherche et donc une poursuite d'études à Bac+8. Sur les 5 dernières années :
- 80 % à 70 % des étudiants du M2R de Chimie Organique ont préparé une thèse de doctorat et 10 % ont poursuivi leurs études (enseignement, commerce, marketing…).
- 100 % des étudiants reçus en première session et souhaitant poursuivre à Bac+8 obtiennent un contrat doctoral dans le périmètre Paris Saclay, en France ou à l'étranger.

- 50 % des étudiants poursuivent en thèse, 35 % poursuivent leurs études et 9 % ont trouvé directement un emploi.
- 56 % des étudiants reçus en première session obtiennent un financement de thèse.
- 100 % des étudiants reçus en première session et souhaitant continuer en doctorat ont obtenu un financement dans l'année d'obtention du M2.

En conformité avec la Charte du Doctorat, tout doctorat constitue une première expérience professionnelle régie par un contrat de travail.
Différents financements sont possibles :
• Allocations du Ministère de l'Education Nationale et de la Recherche,
• Bourses cofinancées par le CNRS et l'industrie
• Bourses financées par le secteur privé (industrie ou association caritative)
• Bourses d'Universités ou organismes étrangers.